Capitanias Hereditárias
Essas capitanias receberam o nome de hereditárias porque passavam de pai para filho e era regulamentadas pela carta de doação (documento de concessão do rei ao donatário) e pelo foral (direitos e deveres dos donatários e do rei).
Os donatários tinham autonomia para fundar vilas, arrecadar impostos, aplicar leis e o dever de explorar e povoar a capitania com recursos próprios e, ainda, divulgar a fé cristã.
Ao rei de Portugal competia o monopólio sob o comércio na colônia e a cunhagem das moedas em circulação no Brasil. A falta de dinheiro, que gerou o desinteresse dos donatários, a distância da metrópole e as reações dos índios contra a escravização foram os principais aspectos do insucesso desse estilo de administração.
Governo Geral
Tomé de Souza fundou a primeira capital do Brasil, Salvador, na Baía de Todos os Santos; criou o primeiro bispado, tendo como bispo Dom Pedro Fernandes Sardinha e desenvolveu a agricultura e a pecuária.
Em 1555, ocorreu a invasão dos franceses no Rio de Janeiro, que se aliaram aos índios tamoios e organizaram a Confederação dos Tamoios, contra os portugueses.
Com a morte de Mem de Sá, em 1572, Portugual dividiu o Brasil em dois governos: governo do norte, instalado em Salvador, e o governo do sul, no Rio de Janeiro.
Em 1621 uma nova divisão foi adotada: estado do Maranhão, com sede em São Luís, que abrangia os atuais estados do Pará ao Ceará e estado do Brasil, com capital inicialmente em Salvador, depois transferida para o Rio de Janeiro, que se extendia do atual Rio Grande do Norte a Santa Catarina e durou até 1774.